Kontrola ma na celu stwierdzenie czy wynik działalności jest zgodny z zamierzonym, czy wszystkie czynności i środki zastosowane wdziałaniu były prawidłowe i potrzebne, a wreszcie czy stan faktyczny jest zgodny ze stanem ewidencyjnym.

W pracowniczych kasach zapomogowo-pożyczkowych mogą przeprowadzać kontrole organy zewnętrzne (np. kontrolerzy Najwyższej Izby Kontroli, organy ścigania – w przypadku podejrzenia popełnienia w PKZP czynu przestępczego) oraz organy wewnętrzne (zarząd PKZP, komisja rewizyjna, kontrola wewnętrzna pracodawcy badająca prawidłowość wykonywania czynności na rzecz PKZP przez pracowników zakładu pracy). Ponadto zakładowa organizacja związku zawodowego może w ramach nadzoru społecznego żądać od zarządu PKZP informacji na temat zgodności działania ze statutem i przepisami prawa; zgodności podejmowanych przez zarząd decyzji z interesem społecznym członków itd.

Z przebiegu czynności kontrolnych sporządza się protokół. W razie ujawnienia w toku kontroli nieprawidłowości lub czynu mającego cechy przestępstwa, kontrolujący zawiadamia o tym niezwłocznie zarząd, zabezpiecza dokumenty i przedmioty stanowiące dowód przestępstwa. Protokół podpisują osoby kontrolujące, księgowy (jeżeli kontrola dotyczyła spraw finansowych i obejmowała ewidencję księgową), kasjer (jeżeli kontrola obejmowała kasę), osoba nadzorująca działalność kontrolowanej jednostki (w przypadku PKZP – zarząd). Odmowa podpisania protokołu nie stanowi przeszkody do wszczęcia postępowania pokontrolnego.

Komisja rewizyjna PKZP i kontrola wewnętrzna zakładu pracy, sprawująca nadzór nad obsługą kasową i sposobem ewidencjonowania operacji finansowo-rozliczeniowych kontroluje między innymi:

• środki pieniężne i rozrachunki – przedmiotem tej kontroli jest zbadanie prawidłowości przechowywania środków pieniężnych i ich wydatkowania, przestrzegania przepisów o obrocie gotówkowym i bezgotówkowym, a także ocena prawidłowości ewidencji i dokumentowania operacji z tym związanych,
• fundusze specjalnego przeznaczenia - kontrola funduszy PKZP jest zorientowana na zbadanie prawidłowości tworzenia i wykorzystywania środków funduszy, takich jak: rezerwowego, oszczędnościowo-pożyczkowego, zapomogowego oraz innych funduszy tworzonych w PKZP. Każdy z tych funduszy tworzony jest według innych zasad określonych postanowieniami statutowymi, każdy jest też przeznaczony na inne cele.
• kontrola merytoryczna - celem tej kontroli, przeprowadzanej przez komisję rewizyjną   PKZP jest sprawdzenie zgodności zasad działania zarządu   z zasadami ustalonymi przez statut PKZP i przepisy prawa.

 Prowadząc bieżącą kontrolę gospodarki finansowej, komisja rewizyjna powinna w szczególności zwracać uwagę:

• czy zarząd PKZP przestrzega ustalonej przez walne zebranie członków polityki udzielania świadczeń, tj. czy kwoty pożyczek przyznawanych poszczególnym członkom odpowiadają wysokości przysługującej temu członkowi na podstawie postanowień statutowych i uchwał walnego zebrania członków;
• czy zarząd przestrzega zasad przyznawania pożyczek po spłacie poprzednio pobranych; czy zwolnienia z wpłat wkładów miesięcznych dotyczą wyłącznie osób, którym takie zwolnienia przysługują;
• czy wnioski o pożyczkę przekraczające stan nie zadłużonych wkładów posiadają podpisy poręczające spłatę tych pożyczek;
• czy przestrzegana jest kolejność załatwiania wniosków o pożyczkę zgodnie z zasadami obowiązującymi w PKZP;
• czy przestrzegana jest zasada terminowego rozliczania pożyczek, zwłaszcza w odniesieniu do członków skreślonych z ewidencji PKZP.